Hi ich würde einen guten Kondensator einbauen.
Die Frage ist auch von welchen Boxen du das Signal abgenommen hast und wie die Kabel verlegt sind?
Ich habe mein High Low von einer hinteren Box abgenommen. dazu die Rückbank ausgebaut und geschaut das Chinch und Strom nicht in der nähe liegen usw.. dazu der Kondensator bei mir ist alles Tuti!
Zudem das ich Spoiler + Blenden + BassBox habe und was ja auch verhaßt ist noch ein vier Rohr-Auspuff -->> 
nur so offene Frage in den Raum...
Kann es die Lautsprecher-Überwachung sein? Sofern du das "kleine" Hifi System ab werk verbaut hast, müsste dieses eine Parallelschaltung zwischen Mitteltöner in der Türe und den Tieftöner unterm Sitz haben.
Da der BMW nicht nur das Radiosignal auf die Boxen schickt sondern auch Navi, PDC, Gong und Co könnte es sein, dass das der Impuls ist welcher prüft ob der Lautsprecher da ist. Sofern möglich mal Fehlerspeicher auslesen (lassen) und sehen ob da "Lautsprecher XX Signalweg unterbrochen" drinnen ist.
Ansonsten: Endstufe soweit weg wie möglich von der Batterie. Mein Hifi Doc ist bei einem 1er schier verzweifelt weil die Batterie und/oder die IBS (Intelligente Batterie Steuerung, Bestandteil von EfficientDynamics) so ein Störsignal auf den AMP gestrahlt haben das alles zu spät war. Einzige Lösung war den AMP auf die andere Seite zu verlegen...